Ngày 12 tháng 10, một tòa án ở vùng Tân Cương tuyên án tử hình sáu người đàn ông về tội sát nhân và các tội khác gây ra trong thời gian có cuộc nổi dậy. Bị cáo thứ bảy lãnh án tù chung thân.[34] Ðây là những bản án đầu tiên cho hàng chục các nghi can bị bắt sau vụ nổi dậy. Các bản án này có vẻ nhằm xoa dịu sự phẫn nộ của người Hán, biểu tình ở Urumqi để đòi hỏi phải nhanh chóng có biện pháp trừng phạt người Uighur. Tuy nhiên, một nhà tranh đấu Uighur lưu vong nói điều này sẽ chỉ làm tình trạng căng thẳng chủng tộc trầm trọng hơn. Có 21 người, đa số là người thiểu số Uighur, bị truy tố về nhiều tội, kể cả giết người và phóng hỏa.[35]

Tân Cương được lực lượng công an canh phòng cẩn mật từ khi có cuộc nổi dậy và đài truyền hình nhà nước Trung Quốc chiếu cảnh công an võ trang với dụng cụ chống biểu tình bao quanh nơi xử án. Có bảy người bị kết tội sát nhân, một số người trong nhóm này cũng bị tội đốt nhà và cướp bóc. Công tố viên đưa ra các nhân chứng, báo cáo giảo nghiệm tử thi, các hình ảnh video thu thập và các bằng chứng khác trong phiên xử có sự tham dự của khoảng 400 người.[36]

Nhưng hậu quả của nó vẫn tiếp diễn. Vụ bạo động đã tạo điều kiện để nhóm phiến quân Al-Qaeda kêu gọi tấn công các quyền lợi của Trung Quốc ở nước ngoài. Vài ngày sau vụ bạo loạn, một đoàn xe người Hán ở Algeria đã bị tấn công bởi Al-Qaeda.

Hành quyết 9 người

Ngày 9 tháng 11, Trung Quốc hành quyết chín người đàn ông, trong đó có tám người Uighur, vì những tội phạm mà họ bị cáo buộc trong vụ bạo động. Họ là những người đầu tiên bị hành quyết trong vụ bạo động chủng tộc tệ hại nhất ở Trung Quốc từ nhiều thập niên nay. Dịch vụ tin Trung Quốc của nhà nước báo cáo rằng chín người trên bị hành quyết sau một cuộc duyệt xét cuối cùng của Tòa án Nhân dân Tối cao, nhưng không nói ngày giờ cụ thể hoặc các chi tiết khác. Các báo cáo trước đó xác nhận những tử tội gồm tám người Uighur và một người Hán.

Thời điểm diễn ra những vụ hành quyết không phải là quá nhanh đối với Trung Quốc, nơi hành quyết nhiều người hơn bất cứ nước nào khác. Những trường hợp nhạy cảm về chính trị thường được quyết định trong vòng vài tuần, đặc biệt khi liên hệ tới những vụ xáo trộn lớn và đe dọa tới ổn định xã hội. Hầu hết những vụ hành quyết được thực hiện bằng cách xử bắn, mặc dù vài tỉnh đã khởi sự dùng phương pháp chích thuốc độc. Trung Quốc đổ lỗi vụ bạo động cho những nhóm tranh đấu cho người Uighur ở Tân Cương bằng cách xúi giục và tổ chức bạo động, nhưng không đưa ra bằng chứng nào.